分离与回收的CO2必须运送到压入存储地。CO2的运送方法有油罐汽车、输送管道和油船等。采用油罐汽车运送比较普遍，在北美等地主要是采用输送管道进行输送，它可把水和CO2等输送并压入到地下油层，用于增加原油的开采量，此技术被称为“CO2-EOR（提高石油采收率）”。以前，随着天然气的生产，将产生的天然CO2用于EOR，但近年来在北美实现了把发电厂回收的CO2用于EOR。由于日本有关敷设管线输送CO2的法规的修订等工作尚未完善，因此在日本敷设管线输送CO2还存在许多课题。采用油轮进行海上运送已取得一些经验，日本环保部正在研究油轮运送的成本等事宜。
CCS技术（CO2回收和存储技术）的最后工序是CO2的压入与存储。存储地可以是地底下存储，也可以是海洋隔离等。适合地下存储的地层有，油田和天然气田（枯竭的油田和天然气田，或适合EOR（提高石油采收率）和EGR（提高天然气采收率）的油田和天然气田）、煤层和地下深处盐水层等。油田和天然气田原本长期以来就是储藏原油的天然气的地方。EOR已在压入CO2后取得了提高采收率的效果。压入煤层的方法就是让煤吸收CO2，使煤层稳定的方法。
日本几乎不出产化石燃料，作为适合储藏CO2的地方是地下深处盐水层。地下深处盐水层是含有盐水的地层，被粘土层等不透水层所覆盖，可以用于CO2的压入和存储。
另外，有研究指出，北美等正在进行页岩气的开采，把水等压入地下是导致地震的原因，因此担心把CO2压入地下也会导致地震。但是，它与采用高压水来破坏页岩层的页岩气开采不同，日本在苫小牧市的试验表明，制定周密的计划，并在操作中严格监控，万一出现异常马上停止，不会破坏地层。因为制定了万全的监视体制，所以一般认为安全性很高。
压入并存储于地底下的CO2在地层中发生某种程度的扩散后，会溶解于地层水中，经过千年时间会变成碳酸盐矿物等。